Die 30S Untereinheit von Thermus thermophilus in verschiedenen Ansichten (PubMed). Wie im Falle der 50S Untereinheit ist die Schnittstelle zum 50S praktisch frei von ribosomalen Proteinen, und ebenso ist das wichtigste Element der 30S Untereinheit - das Dekodierungs-Zentrum - ausschliesslich aus 16S rRNA komponiert. Die Proteine haben nichtsdestotrotz einen erheblichen Einfluss auf die Präzision und die Geschwindigkeit, mit der die Dekodierung der genetischen Information auf der mRNA erfolgt.

Die 2D Struktur der 16S rRNA zeigt ein modulares Bild, das eine natürliche Einteilung der 16S rRNA in verschiedene Domänen erlaubt. Ganz im Gegensatz zur 23S rRNA spiegelt sich dieser modulare Aufbau auch in der Struktur wieder: die Domänen sind räumlich gut separiert, und die meisten Wechselwirkungen erfolgen an den Übergängen zwischen den Domänen oder werden durch ribosomale Proteine, die quasi als Klebstoff die 30S Untereinheit stabilisieren, vermittelt.

Der modulare Aufbau hat zu dem den Vorteil, dass die Interpretation der Elektornendichte, also die Bestimmung der Struktur, vergleichsweise einfach war ;-) (JMH: Verdammt, wooo bin ich? Das Modell im virtuellen Raum zu basteln wäre vielleich doch einfacher gewesen.)

Bemerkenswert ist die starke Trennung des Kopfes (Head) vom Körper (Body) der 30S Untereinheit. Die beiden Kompartments sind durch eine einzige rRNA-helix miteinander verknüpft. Das hat auch einen guten Grund: der Kopf benötigt einige Mobilität um die mRNA während der Translokation weiterzuleiten. Der schmale Durchgang zwischen Kopf (Head) und Schulter (Shoulder) dient zur Fixierung der mRNA. Nach der Dekodierung eines Codons rotiert der Kopf zur Seite und zieht die mRNA um genau ein Codon weiter.